ولد جرجي زيدان في بيروت في 14 ديسمبر 1861 لأسرة مسيحية فقيرة من قرية عين عنب في جبل لبنان ويعتقد ان اصلها يعود إلى حوران في سوريا، وكان أبوه حبيب زيدان رجلا أُمّيا يملك مطعماً في ساحة البرج في بيروت يتردّد عليه رجال الأدب واللغة وطلاب الكلية الأمريكية.
أرسله أبوه لمدرسة متواضعة لتعلّم القراءة والكتابة والحساب ليستطيع مساعدته في إدارة المطعم وضبط الحسابات، ثم التحق بمدرسة الشوام فتعلم اللغة الفرنسية، ثم التحق بمدرسة مسائية لتعلم اللغة الإنجليزية بعدها عمل في مطعم والده إلا أن والدته مريم مطر لم تكن راضية عن ذلك وطلبت من أبيه أن يعلّمه صنعة أخرى، فاتّجه لتعلم صناعة الأحذية وهو في سن الثانية عشرة ولمدة عامين لكنه تركها لعدم رغبته في ذلك العمل.
بدأ يميل إلى المعرفة والاطّلاع وشغف بالأدب واحتك بالمتخرجين من الكلية الأمريكية ورجال الصحافة وأهل الفكر والأدب مثل يعقوب صروف وفارس نمر وإبراهيم اليازجي وسليم البستاني وغيرهم، وكانوا يدعونه لحضور احتفالات الكلية. التحق بالكلية السورية البروتستانتية (الجامعة الأمريكية) حيث نجح في امتحان القبول لتعلم الطب ولكن درس لمدة عام حيث ترك دراسة الطب واتجه لدراسة الصيدلة إلا أنه قرّر أن يرحل لمصر لدراسة الطب فاقترض مبلغ ستة جنيهات من جار له في بيروت.
